Das NS-Regime verbot Agatz, wieder in seinen ursprünglichen Beruf als Bergmann zurückzukehren. Zudem stand er unter polizeilicher Beobachtung. Da er aber im KZ den Beruf des Maurers erlernt hatte, erhielt er die Weisung, diese Tätigkeit für eine Essener Firma weiterauszuüben. Als Mauer wurde er Mitglied der Deutschen Arbeitsfront (DAF). 1943 wurde er zum Wehrdienst eingezogen und in dem „Bewährungsbataillon 999“ eingesetzt, einer Strafeinheit, in der viele verurteilte Kommunisten zu dienen hatten. Während der Stationierung in Griechenland erkrankte er schwer an Ruhr und Malaria. Erst nach 18 Monaten verließ er das Lazarett als Genesener. In unterschiedlichen „Bewährungsbataillonen“ wurde er in Tschechien, Polen und im Baltikum eingesetzt. Am 8. Mai 1945 sollte er von Wehrmachtssoldaten erschossen werden, da die deutsche Kapitulation aber bereits erfolgt war, führte der zuständige Offizier den Befehl nicht mehr aus. Agatz geriet in sowjetische Kriegsgefangenschaft und wurde im Kriegsgefangenlager Klaipeda (Memel) Leiter des Antifaschistischen Komitees. In der Bundesrepublik wurde er beschuldigt, einen Gefangenen des Lagers bedroht zu haben, was Agatz jedoch bestritt. Das Ermittlungsverfahren wurde 1954 aufgrund mangelnder Beweise eingestellt. Agatz selbst wurde erst am 7. Mai 1946 aus der Haft entlassen. Er kehrte daraufhin wieder nach Deutschland zurück.7
1946 wurde Agatz zuerst hauptamtlicher Sekretär der Bezirksleitung der Industriegewerkschaft Bergbau in Essen und dann Ende des Jahres auf der ersten Generalversammlung der IG Bergbau zum zweiten Vorsitzenden in der britischen Besatzungszone gewählt, nachdem er bei der Wahl zum ersten Vorsitzenden nur knapp dem Sozialdemokraten August Schmidt unterlegen war. Im gleichen Jahr wurde Agatz zudem Mitglied des ernannten Landtags von Nordrhein-Westfalen. Im Landtag, dem er bis 1949 angehörte, engagierte er sich im Arbeits- und im Wirtschaftsausschuss und setze sich vor allem für eine Sozialisierung des Bergbaus ein. Nach wenigen Jahren der Zusammenarbeit führte dann jedoch der sich verschärfende Ost-West-Konflikt zu zunehmenden Spannungen zwischen Kommunisten und Nicht-Kommunisten. Bereits 1948, auf der Generalversammlung der IG Bergbau, wurde Agatz nicht mehr in den Vorstand gewählt. Dafür wurde er ab Januar 1949 als Fachsekretär der IG Bergbau Hauptverwaltung eingestellt, jedoch 1950 wieder entlassen und aus der Gewerkschaft ausgeschlossen.8 Er habe versucht, „die Grundlage der parteipolitischen Neutralität […] zu untergraben, bzw. die Gewerkschaft parteihörig zu machen“9 – so der Vorwurf der IG Bergbau. Auch wenn Agatz heftig gegen seinen Ausschluss protestierte, ist nicht von der Hand zu weisen, dass er als Gewerkschafter versuchte, die kommunistischen Vorstellungen innerhalb der IG Bergbau mehrheitsfähig zu machen. Er plante dann, eine kommunistische Gewerkschaftsorganisation nach Vorbild der RGO aufzubauen. Das Vorhaben scheiterte jedoch bereits in den Anfangsjahren.10