Unmittelbar nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten versuchten SA-Männer in Böcklers Wohnhaus in Köln-Bickendorf einzudringen und ihn zu ergreifen. Als dann im Mai 1933 die Gewerkschaften zerschlagen wurden, wurde sein Büro in Düsseldorf durchsucht, Böckler verhaftet und in das Düsseldorfer Polizeigefängnis gebracht. Wegen mangelndem Fluchtverdachts entließ man ihn am 11. Mai wieder. Gegen ihn wurde allerdings ein Strafantrag gestellt, mit dem Vorwurf, Gewerkschaftsgelder unterschlagen und Akten vernichtet zu haben. Böckler hatte nämlich verhindern wollen, dass die Nationalsozialisten die gesamten Gewerkschaftsgelder beschlagnahmten. Er floh zunächst in seine alte Heimat Franken und versteckte sich schließlich bei seinem Sohn in Berlin, wo er im September von der Gestapo gefunden und verhaftet wurde. Die Gestapo verhörte ihn im Geheimen Staatspolizeihauptamt in der Prinz-Albrecht-Straße.7 Böckler gab zu Protokoll: „Nach der erfolgten Revision gab ich […] den Auftrag, das Kassenbuch des Sonderkontos zu vernichten. Die Zustimmung der Revisoren zur Vernichtung des Kassenbuches habe ich nicht eingeholt. Ich gab den Auftrag, weil ich befürchten musste, dass […] mit dem vorgefundenen Material Missbrauch betrieben würde. Ich wollte durch die Vernichtung des Kassenbuches nicht die Zahlungen an die SPD sowie das Reichsbanner verschleiern.“8 Von Oktober bis 13. Dezember befand er sich im Polizeigefängnis am Tempelhofer Flugfeld in „Schutzhaft“. Vor dem Schöffengericht in Düsseldorf wurde er im Februar 1934 wegen Urkundenvernichtung angeklagt, jedoch überraschenderweise freigesprochen. Das Gericht hielt seine Aussage, er hätte die Akten aus Angst vor einem kommunistischen Umsturz vernichtet, für glaubhaft.9